Galvenā atšķirība starp strukturālo un funkcionālo genomiku ir tāda, ka strukturālā genomika ir genomu fiziskā rakstura izpēte, ieskaitot genomu secību un kartēšanu, savukārt funkcionālā genomika ir genoma ekspresijas un funkcijas izpēte.
Genomika ir bioloģijas joma, kas attiecas uz dzīvo organismu struktūru, organizāciju, darbību, evolūciju un kartēšanu. Tas ietver arī genomu secību, visa organisma kodēto olbaltumvielu komplekta noteikšanu, kā arī gēnu un vielmaiņas ceļu darbību organismā. Vienkāršiem vārdiem sakot, genomika ir liela mēroga gēnu grupas izpēte. Tāpēc pētījumi tiek veikti genoma līmenī. Strukturālā genomika un funkcionālā genomika ir divas galvenās genomikas nozares. Strukturālā genomika ir vērsta uz visa genoma gēnu kopas raksturošanu un atrašanās vietas nodrošināšanu. Turpretī funkcionālā genomika koncentrējas uz funkciju un īpašībām.
