Galvenā atšķirība starp Punnett kvadrātu un ciltsrakstu ir tā, ka Punnett kvadrāts parāda visus iespējamos genotipus, kurus var mantot no diviem vecāku genotipiem, savukārt ciltsgrāmata atspoguļo konkrētas pazīmes ģimenes vēsturi, īpaši gēna mantojumu.
Punnett kvadrāts un ciltsgrāmata ir divu veidu rīki, kas palīdz noteikt gēnu iedzimšanas varbūtību. Abi parāda varbūtību pārmantot noteiktu pazīmi pēcnācējiem. Citiem vārdiem sakot, abi paredz mantojuma modeļus ģimenes līnijās. Tādējādi tie var palīdzēt noteikt iedzimtas slimības risku bērnam. Punnett kvadrāts ir vienkārši grafisks veids, kā parādīt visus iespējamos genotipus, kas var rasties divu vecāku bērniem.