Galvenā atšķirība starp tiocianātu un izotiocianātu ir tā, ka tiocianāts ir funkcionāla grupa, kurā alkilgrupa vai arilgrupa ir piesaistīta caur sēra atomu, savukārt izotiocianāts ir tiocianāta saistošais izomērs, kurā alkilgrupa vai arilgrupa ir pievienota caur slāpekļa atomu.
Tiocianāts un izotiocianāts ir funkcionālās grupas, kas satur oglekļa, slāpekļa un sēra atomus. Šīm funkcionālajām grupām ir vienāda atomu savienojamība. Tas ir, oglekļa atoms atrodas vidū, savukārt slāpekļa un sēra atomi ir piestiprināti pie tā sāniem. Tomēr ķīmiskā saite starp šiem atomiem atšķiras viena no otras.
