Galvenā atšķirība starp mitohondrijos un kinetoplastu ir tā, ka mitohondriji ir eikariotu šūnu organelli, kas ražo enerģiju (ATP). Tikmēr kinetoplasts ir apļveida DNS tīkls, kas atrodas lielā mitohondrijā, īpaši Kinetoplastea klases vienšūņos.
Eikariotu šūnās ir dažāda veida šūnu organoīdi. Šie dažādie organelli dzīvo šūnā veic dažādas funkcijas. No tiem mitohondriji ir viens no membrānām saistītajiem organelliem, kas redzami eikariotu šūnā. Tie ir organelli, kas ir atbildīgi par enerģijas (ATP formā) ražošanu šūnās. Tādējādi tos uzskata par kameras spēkstacijām. Mitohondrijām ir savs genoms, kas ir cirkulārs DNS, kas tiek mantots maternāli. Kinetoplasts ir apļveida DNS tīkls, kas redzams Kinetoplastida klasei piederošo organismu lielajā mitohondrijā. Tāpēc kinetoplasti ir redzami tikai šajā eikariotu apakšdomēnā.
