Galvenā atšķirība starp mūoniem un mezoniem ir tā, ka mūoni ir elementārdaļiņu veids, kam nav apakšstruktūras, turpretim mezoni ir hadronisku subatomisko daļiņu veids, kuriem ir pāris kvarku un anti-kvarku daļiņu.
Mūni un mezoni ir divu veidu daļiņas matērijā. Mūni ir elementārdaļiņu veids, piemēram, elektroni, un mēs tos nevaram sīkāk sadalīt mazākās struktūrās (piemēram, kvarkos). Bet mezoni ir nedaudz lielāki par muoniem, un tajos ir kvarku un antikvarka daļiņas; tādējādi tie ietilpst citā kategorijā, ko sauc par hadroniskām subatomiskām daļiņām. Termins hadronisks līdzeklis norāda, ka tas satur divas vai vairāk kvarka daļiņas, un subatomiskās daļiņas ir mazākas struktūras nekā toms, kas veido atoma struktūru.
