Galvenā atšķirība starp jonu un binārajiem savienojumiem ir tā, ka jonu savienojumos ir divi lādēti komponenti, bet binārajos - divi dažādi ķīmiskie elementi.
Jonu savienojumi ir binārie savienojumi, kas ietilpst divās dažādās kategorijās. Jonu savienojumi ietilpst kovalentos savienojumos, kad mēs analizējam ķīmiskos savienojumus pēc molekulā esošo ķīmisko saišu veida. No otras puses, binārie savienojumi ietilpst savienojumu klasifikācijā atkarībā no molekulā esošajiem ķīmiskajiem elementiem.