Galvenā atšķirība starp fenētiku un kladistiku ir metode, ko izmanto organismu klasificēšanai. Fenētika organismus klasificē, pamatojoties uz morfoloģiskajām un strukturālajām pazīmēm, savukārt kladistika - organismus, pamatojoties uz viņu izcelsmi un evolūcijas attiecībām.
Organismu klasifikācija ir svarīgs bioloģiskās daudzveidības un bioloģisko pētījumu process. Taksonomija atvieglo dažādu sistēmu klasifikāciju, vienlaikus palīdzot grupēt un grupēt organismus. Šajā sakarā fenētikai un kladistikai ir liela nozīme, veidojot attiecības starp organismiem.
