Galvenā atšķirība starp ģenētisko attālumu un fizisko attālumu ir secības veids, ko izmanto, analizējot attālumu starp divām vienas sugas populācijām. Ģenētiskais attālums mēra ģenētisko atšķirību starp sugām vai starp sugas populācijām, bet fiziskais attālums nosaka nukleotīdu skaitu starp abiem marķieriem.
Ģenētiskais attālums un fiziskais attālums sniedz ieskatu evolūcijas attiecībās starp divām sugas populācijām. Tāpēc attāluma kartes nodrošina populāciju sasaisti, pamatojoties uz ģenētiskajiem datiem. Genomu secībai un bioinformātikas analīzei ir svarīga loma gan ģenētiskā, gan fiziskā attāluma noteikšanā.
