Viena no galvenajām atšķirībām starp histoloģiju un citoloģiju ir tā, ka histoloģija ir bioloģijas nozare, kas mikroskopā pēta dzīvnieku un augu audus, savukārt citoloģija ir vēl viena bioloģijas nozare, kas pēta šūnas mikroskopā. Turklāt histoloģiskie pētījumi ir plašāki, detalizētāki un dārgāki nekā citoloģiskie pētījumi.
Katrs dzīvais organisms uz zemes veido vai nu šūnu, vai šūnu kolekciju, izņemot vīrusus. Šūna ir mazākā organisma strukturālā un funkcionālā vienība. Audi ir šūnu grupa, kas veic kopēju funkciju un kurai ir līdzīga izcelsme. Dažāda veida audi darbojas kopā un veido orgānu. Orgānu sistēma ir orgānu kolekcija. Tāpat dzīvnieka vai auga ķermenis sastāv no dažādiem organizāciju līmeņiem, pieaugot katra līmeņa sarežģītībai, sākot no šūnām līdz orgānu sistēmām un organismiem. Tādējādi vienšūnu organismiem ir vienkārša struktūra, savukārt lielākajai daļai daudzšūnu organismu ir ļoti sarežģītas struktūras. Histoloģija un citoloģija ir divas bioloģijas nozares, kas mikroskopiski pēta dzīvnieku un augu audus un šūnas.
