Galvenā atšķirība starp HPLC un GC ir tā, ka HPLC izmanto cietu stacionāru fāzi un šķidru mobilo fāzi, savukārt GC izmanto šķidru stacionāru fāzi un gāzveida kustīgu fāzi.
HPLC un GC ir abas metodes savienojumu atdalīšanai no maisījuma. Kamēr HPLC attiecas uz augstspiediena šķidruma hromatogrāfiju, GC ir vienkārši gāzes hromatogrāfija. Tādējādi HPLC attiecas uz sastāvdaļām, kas ir šķidrumi, bet GC ir noderīgs, ja savienojumi ir gāzveida vai savienojumi, kas atdalīšanas procesā tiek iztvaicēti. Tomēr abiem ir viens un tas pats pamatprincips, ka smagās molekulas plūst lēnāk nekā vieglākas.
