Galvenā atšķirība starp molekulu un atomu ir tā, ka molekula ir divu vai vairāku atomu kombinācija, ķīmiski saistoties, turpretī atoms ir atsevišķa ķīmiska suga, kas var savstarpēji apvienoties, veidojot molekulas un jonus.
Visu matēriju pasaulē veido atomi un molekulas, tāpēc mēs tos varam uzskatīt par visa šī planētas, ieskaitot mūs, celtniecības elementus. Nespeciālistiem runājot, mēs varam teikt, ka visvienkāršākā un arī mazākā jebkura ķīmiskā elementa vienība ir atoms. Ķīmiskais elements ir atomu suga. Piemēram, mazākā skābekļa gāzes vienība ir skābekļa atoms; mēs varam to attēlot ar burtu O. Tomēr šis skābekļa atoms nepastāv neatkarīgi, un tikai tad, kad tas ķīmiski apvienojas ar citu skābekļa atomu, tas kļūst stabils. Tad tā kļūst par molekulu, un mēs varam to attēlot ar ķīmisko formulu O 2.
