Galvenā atšķirība starp aerobajiem un anaerobajiem muskuļiem ir tā, ka aerobajiem muskuļiem to darbībai nepieciešams skābeklis, turpretim anaerobajiem muskuļiem funkcionēšanai nav nepieciešams skābeklis.
Muskuļi ir galvenie komponenti, kas iesaistīti mūsu kustībās. Turklāt tie palīdz saglabāt ķermeņa formu. Muskuļi spēj elpot gan aerobā, gan anaerobā veidā. Tāpēc muskuļi iziet funkcijas skābekļa klātbūtnē un bez tā. Pamatojoties uz to, ir divi muskuļi, proti, aerobie un anaerobie muskuļi. Aerobajiem muskuļiem šūnu elpošanai nepieciešams skābeklis. Citiem vārdiem sakot, šie muskuļi enerģijas ražošanai ir atkarīgi no skābekļa. Tādējādi mitohondriju ir daudz. No otras puses, anaerobajiem muskuļiem enerģijas ražošanai nav nepieciešams skābeklis. Viņiem ir mitohondriju fragmenti vai fermenti, kas nepieciešami anaerobai elpošanai. Tāpēc tie nav atkarīgi no skābekļa. Tādējādi galvenā atšķirība starp aerobajiem un anaerobajiem muskuļiem ir skābekļa nepieciešamība.
