Galvenā atšķirība starp aerobajiem un anaerobajiem mikroorganismiem ir vajadzība pēc skābekļa pēc izdzīvošanas aerobajiem mikroorganismiem, bet tā nav anaerobajiem mikroorganismiem. Tas ir, aerobajiem mikroorganismiem aerobās elpošanas laikā ir vajadzīgs skābeklis kā galīgais elektronu akceptors, savukārt anaerobajiem mikroorganismiem nav nepieciešama skābekļa šūnu elpošana.
Reakcija uz skābekli ir pamats mikroorganismu klasificēšanai kā aerobiem un anaerobiem. Tādēļ šiem mikroorganismiem ir dažādas īpašības, lai veiktu savas funkcijas šūnu elpošanas laikā. Tāpēc aerobos mikrobos notiek aerobā elpošana, savukārt anaerobajos mikrobos - anaerobā elpošana.
