Galvenā atšķirība starp alēli un lokusu ir tā, ka alēle attiecas uz vienu no divām vai vairākām alternatīvām gēna sekvencēm noteiktā lokusā, savukārt lokuss attiecas uz noteiktu vietu hromosomā, kur var atrast gēnu.
Gēnu formā ģenētiskā informācija tiek mantota no vecākiem līdz pēcnācējiem. Gēni ir specifiskas nukleotīdu sekvences, kas atrodas hromosomās. Organisma genomā var atrast daudz gēnu. Viņu izvietojums genomā ir precīzs, un gēna atrašanās vietu var viegli atrast, izmantojot ģenētisko marķieri. Turklāt konkrētam gēnam var būt dažādas versijas, kuras mēs saucam par alēlēm. Ļoti svarīga ir arī konkrētā gēna atrašanās vieta hromosomā, un mēs to saucam par lokusu.
