Galvenā atšķirība starp protostomiem un deuterostomiem ir tā, ka protostomās blastopore kļūst par muti, bet deuterostomos tā ir tūpļa. Vēl viena būtiska atšķirība ir tā, ka protostomu embrijiem notiek spirālveida šķelšanās, bet deuterostomu embrijiem - radiāla šķelšana.
Izprotot šos divus terminus, būtu svarīgi pievērst uzmanību tam, kā notiek organismu embrija attīstība. Īpaši svarīgi būtu ņemt vērā dzīvniekus, kuriem ir sakne, kas ir ar šķidrumu piepildīta dobums, kas atrodas starp endodermu (zarnu) un mezodermu (galvenokārt muskuļu slāni); citiem vārdiem sakot, coelom ir vēderplēve zīdītājiem. Protostomi un deuterostomi ir divi galvenie koelomātu dzīvnieku veidi, un starp tiem ir daudz atšķirību. Tās galvenokārt atšķiras ar to, kā embrija attīstības laikā veidojas mute un tūpļa.
