Galvenā atšķirība starp gēnu pievienošanu un gēnu aizstāšanu ir tāda, ka gēnu pievienošana ir gēna ievietošana ar nehomoloģisku rekombināciju, savukārt gēnu aizstāšana ir endogēna gēna aizstāšana ar homoloģisku rekombināciju.
Gēnu terapija ir paņēmiens, kas izmanto gēnus ģenētisko slimību ārstēšanai. Tāpēc tas ietver gēnu ievadīšanu vai ievadīšanu pacienta šūnā. Citiem vārdiem sakot, gēnu terapija ietver gēnu aizstāšanu vai pievienošanu bojāto vai slimību izraisošo gēnu vietā. Šajā procesā ir ļoti svarīgi izvēlēties pareizo gēnu aizstāšanai vai pievienošanai. Tāpēc gēnu terapija joprojām nav simtprocentīgi veiksmīga cilvēku slimību terapijā. Daudzas ģenētiskās slimības nevar ārstēt ar gēnu terapiju. Bet gēnu terapija ir daudzsološa ārstēšana dažām slimībām, piemēram, muskuļu distrofijai un cistiskajai fibrozei utt.