Galvenā atšķirība starp gēnu amplifikāciju un gēnu klonēšanu ir tā, ka gēnu amplifikācija ir process, ar kuru polimerāzes ķēdes reakcijas ceļā daudzas in vitro iegūst interesējošā gēna kopijas. Bet gēnu klonēšana ir process, kurā in vivo tiek izgatavotas daudzas interesējošā gēna kopijas, izveidojot rekombinanto plazmīdu un pārveidojot to par saimniekbaktēriju.
Gēns ir specifisks DNS fragments, kas kodē olbaltumvielu. Organismam piemīt tūkstošiem gēnu. Turklāt ir iespējams pavairot svarīgu gēnu DNS sekvences, izmantojot molekulārbioloģiskās metodes. Gēnu amplifikācija un gēnu klonēšana ir divas šādas procedūras. Abas procedūras rada daudzas interesējošā gēna kopijas. Tomēr to metodoloģijas ziņā ir atšķirība starp gēnu amplifikāciju un gēnu klonēšanu.
