Galvenā atšķirība starp epistatisko gēnu un hipostatisko gēnu ir tā, ka epistatiskais gēns ir gēns, kas ietekmē cita gēna ekspresiju citā lokalizācijā, savukārt hipostatiskais gēns ir gēns, kas pakļauts epistatiskā gēna iejaukšanās darbībai.
Atsevišķi gēni ir atkarīgi no citiem nealēliskajiem gēniem. Epistāze ir gēnu mijiedarbības forma, kurā viens gēns traucē vai maskē cita gēna ekspresiju, kas atrodas citā lokusā. Tādējādi tā ir sava veida nealēliska gēnu mijiedarbība. Šajā īpašajā gēnu mijiedarbībā mijiedarbojas divi gēni, un tie ir epistatiskais gēns un hipostatiskais gēns. Attiecīgi gēns, kas maskē cita gēna ekspresiju, ir pazīstams kā epistatisks gēns, savukārt gēns, kura izpausmi ietekmē, ir pazīstams kā hipostatisks gēns.
