Galvenā atšķirība starp 1D un 2D gēla elektroforēzi ir īpašības, ko izmanto olbaltumvielu atdalīšanai gēla elektroforēzē. 1D gēla elektroforēze atdala olbaltumvielas tikai, pamatojoties uz molekulmasu, bet 2D gēla elektroforēze atdala olbaltumvielas, pamatojoties uz tā iso-elektrisko punktu un molekulmasu.
Olbaltumvielu atdalīšana ar gēla elektroforēzi ir svarīgs paņēmiens olbaltumvielu raksturošanai. Olbaltumvielām ir dažādas īpašības; tāpēc atdalīšana ir sarežģītāka salīdzinājumā ar DNS atdalīšanu ar agarozes gēla elektroforēzi.
