Galvenā atšķirība starp maltozi un izomaltozi ir tāda, ka maltozei ir divas glikozes vienības, kas savienotas viena ar otru, izmantojot alfa 1-4 saiti, savukārt izomaltozei ir divas glikozes vienības, kas savienotas viena ar otru ar alfa 1-6 saiti.
Maltoze ir disaharīds. Tas nozīmē, ka tam ir divas cukura vienības, kas savienotas viena ar otru. Maltozes un izomaltozes gadījumā cukura vienība ir glikozes molekula. Tādēļ šīs divas disaharīdu formas atšķiras viena no otras pēc ķīmiskās saites starp abām glikozes vienībām. Tomēr abas šīs cukura formas ir reducējošie cukuri.
