Galvenā atšķirība starp tiešo un netiešo imūnfluorescenci ir tāda, ka tiešajā imūnfluorescencē tiek izmantota viena antiviela, kas darbojas pret interesējošo mērķi, savukārt netiešā imūnfluorescence izmanto divas antivielas, lai iezīmētu interesējošo mērķi.
Imūnfluorescence vai šūnu attēlveidošana ir paņēmiens, ko izmanto, lai iezīmētu konkrētu mērķa antigēnu ar fluoroforu. Fluorofors ir fluorescējošs ķīmisks savienojums, kas pēc gaismas ierosmes var atkārtoti izstarot gaismu. Kad fluorofors saistās ar mērķa antigēnu, tas ļauj noteikt mērķa molekulu paraugā. Lai to tālāk aprakstītu, kad antigēns saistās ar specifisku antivielu, to var konjugēt ar fluoroforiem. Tādējādi, novērojot zem fluorescences mikroskopa, ir viegli noteikt mērķa antigēna klātbūtni paraugā.
Bez tam, ir divi imūnfluorescences veidi; tieša un netieša imūnfluorescence. Atšķirība starp tiešo un netiešo imūnfluorescenci galvenokārt slēpjas izmantoto antivielu skaitā un fluoroforu konjugācijā. Tas ir, tiešā imūnfluorescences procesā fluorofors tieši konjugējas ar primāro antivielu, savukārt netiešās imūnfluorescences gadījumā fluorofors konjugējas ar sekundāro antivielu.
