Galvenā atšķirība - Exome vs Transcriptome
Gēns satur kodējošus un nekodējošus reģionus. Kodējošās sekvences ir pazīstamas kā eksoni, un nekodējošās sekvences ir pazīstamas kā introni. Gēna eksonu nukleotīdu secība apzīmē gēna ģenētisko kodu, lai sintezētu specifisko olbaltumvielu. Tādējādi eksoni paliek mRNS molekulā. Genoma kopējais eksona reģions ir pazīstams kā eksoms, un tā ir nozīmīga genoma sastāvdaļa. Gēnu ģenētiskais kods tiek pārveidots par mRNS molekulas ģenētisko kodu, kas nepieciešams olbaltumvielu ražošanai. Visas šūnā vai šūnu populācijā vienlaikus pārrakstītās mRNS molekulas ir pazīstamas kā transkripti. Galvenā atšķirība starp eksomu un transkripciju ir tā, ka eksoms apzīmē genoma eksona reģionu secības, savukārt transkripoms apzīmē šūnu vai audu kopējo mRNS noteiktā laikā.
SATURS
1. Pārskats un galvenās atšķirības
2. Kas ir Exome
3. Kas ir Transcriptome
4. Blakus salīdzinājums - Exome vs Transcriptome
5. Kopsavilkums
Kas ir Exome?
Gēni sastāv no eksoniem, introniem un regulējošām sekvencēm. Eksoni ir gēnu reģioni, kas transkripcijas laikā tiek pārrakstīti mRNS sekvencē. Transkripcijas laikā tiek noņemti introni un citi nekodētie reģioni. Eksonu nukleotīdu secība nosaka gēna ģenētisko kodu, kas sintezē tā kodēto specifisko olbaltumvielu. Olbaltumvielu mRNS atrodas tikai eksoni. Eksonu kolekcija genomā ir pazīstama kā organisma eksoms. Tas pārstāv genoma daļu, kas izpaužas gēnos. Cilvēkiem eksoms veido 1% no genoma. Tā ir proteīnu kodējošā cilvēka genoma daļa.
01. attēls: Exome
Kas ir Transcriptome?
Transkripts ir visu proteīnus kodējošo un nekodējošo transkriptu (RNS) kolekcija noteiktā audā. Transkriptoms attēlo kopējo mRNS molekulu kolekciju, ko šūnā vai audā izsaka gēni. Šūnas transkripciju var mainīt ar cita veida šūnu transkriptu. Transkripts ir arī dinamisks - tas mainās ar laiku, reaģējot gan uz iekšējiem, gan uz ārējiem stimuliem. Pat dažu minūšu laikā transkripti var mainīties pat vienā audā vai tajā pašā šūnu tipā.
Transkriptoms atšķiras no organisma eksomiem. Transkripte ietver tikai izteiktās eksomu sekvences. Lai gan šūnas eksoms paliek nemainīgs, transkriptoms šūnās atšķiras, jo gēnu ekspresija nav vienāda visām šūnām vai audiem. Tikai būtiskie gēni tiek izteikti dažādās šūnās un audos. Gēnu ekspresija ir audu vai šūnu tipam raksturīgs process. To regulē dažādi faktori, tostarp vides faktori. Tāpēc transkripcija var atšķirties atkarībā no ārējiem vides apstākļiem.
Transkripts tiek izmantots kā proteomikas pētījumu priekšgājējs. Visi proteīni ir iegūti no mRNS sekvencēm. Translācijas modifikācijas var izraisīt olbaltumvielu izmaiņas. Tomēr transkripcija sniedz svarīgu pamatinformāciju proteomikas pētījumiem.
02. attēls: embrionālo cilmes šūnu transkripts
Kāda ir atšķirība starp Exome un Transcriptome?
Atšķirīgs raksts vidū pirms tabulas
Exome vs Transcriptome |
|
| Exome ir olbaltumvielu kodējošā gēnu reģiona kolekcija. | Transkriptoms ir visu pārrakstīto RNS, ieskaitot mRNS, kolekcija. |
| Paraugs | |
| Exome tiek pētīts, izmantojot DNS paraugu. | Transkripcija tiek pētīta, izmantojot RNS paraugu. |
| Studiju metode | |
| Eksoma secības noteikšana ir visa eksoma secība. | RNS sekvencēšana ir transkripcijas izpētes metode. |
Kopsavilkums - Exome vs Transcriptome
Eksoni ir gēnu kodēšanas sekvences, kas nosaka olbaltumvielu mRNS sekvences. Šo kodējošo secību (eksonu) kolekcija ir pazīstama kā organisma eksoms. Gēnus pirms olbaltumvielu izgatavošanas pārraksta mRNS molekulās. Šūnu vai audu kopējās mRNS molekulas jebkurā laikā ir pazīstamas kā transkripti. Transkriptoms attēlo gēnus, kas jebkurā brīdī tiek aktīvi izteikti mRNS. Transkripts ir specifisks šūnām un audiem un ietekmē vides apstākļus. Šī ir atšķirība starp eksomu un transkripciju.
