Galvenā atšķirība starp peptīdu un dipeptīdu ir tā, ka peptīds ir īsa aminoskābju ķēde, kas savienojas savā starpā, izmantojot peptīdu saites, savukārt dipeptīds ir peptīda forma, kurai ir vai nu divas aminoskābes, kas savienotas ar vienu peptīda saiti, vai viena aminoskābe ar divas peptīdu saites.
Aminoskābes ir olbaltumvielu celtniecības bloki. Tāpēc tie veido peptīdu saites viens ar otru, veidojot īsas aminoskābju ķēdes; mēs tos saucam par “peptīdiem”. Garas un nepārtrauktas peptīdu ķēdes ir “polipeptīdi”. Šīs polipeptīdu ķēdes savstarpēji savienojas, veidojot olbaltumvielas. Termins peptīds ir izplatīts termins, ko mēs izmantojam, lai nosauktu īsu aminoskābju ķēdi, bet termins dipeptīds ir īpašs termins, ko mēs izmantojam, lai nosauktu noteiktu peptīdu veidu.